Die Aare ist der längste gänzlich innerhalb der Schweiz verlaufende Fluss. Ihre Gesamtlänge beträgt 288 km, das Gefälle 1665 m, ihr Einzugsgebiet 17’709 km². Die Aare ist der wasserreichste Nebenfluss des Rheins, noch vor der Maas und dem Hochrhein selbst, und sie führt mehr Wasser als Mosel und Main zusammen.
Die Aare entspringt in den beiden Aargletschern in den östlichen Berner Alpen am Finsteraarhorn, westlich des Grimselpasses im zentralen Süden der Schweiz. Ihr Lauf führt durch die Kantone Bern, Solothurn und Aargau. Zuerst passiert sie die in einen hohen Felsriegel eingeschnittene Aareschlucht und erreicht danach die Ebene zwischen Meiringen und dem glazialen Brienzersee. Kurz vor dem Eintritt in den Thunersee bei Interlaken ist sie kanalisiert und verlässt diesen nordwestlich in das breite Aaretal. Auf dem Gebiet von Bern umfliesst sie den mittelalterlichen Stadtkern und erreicht in westlicher Richtung den Wohlensee. Bei Aarberg wird sie über den Hagneckkanal in den Bielersee geleitet und folgt nach dem Austritt nordostwärts dem Verlauf des Juragebirges. Unterhalb von Brugg nimmt sie die Reuss und die Limmat auf, bevor sie bei Koblenz (CH) in den Rhein mündet.
Die Aare war im Laufe der geologischen Entwicklung nacheinander der Oberlauf der Donau, der Rhone und des Rheins.
Die Aare und ihre Zuflüsse haben verglichen mit dem übrigen Flusssystem des Rheins zwei Besonderheiten:
Der Verlauf der Aare besteht im Wesentlichen aus drei Teilen:
Die bedeutenden Zuflüsse aus dem Jura sind von den Besonderheiten dieses Kalkgebirges geprägt: Die Orbe fliesst zwischen ihrem Oberlauf in einem beidseits vom Einzugsgebiet der Rhone begrenzten Tal und dem Unterlauf durch eine Doline. Die Areuse erhält durch zwei seitliche Karstquellen Wasser aus Hochtälern ohne oberirdischen Abfluss. Die Schüss entspringt in einem Karstgebiet, das nördlich des Passübergangs der Vue des Alpes liegt, und durchquert auf ihrem Lauf verschiedene Juraklusen. Die Dünnern schneidet etwa in der Mitte ihres Laufs eine Klus in das Juragestein und erreicht bei Oensingen das Mittelland.